研究发现,聚合物片段的质心扩散遵循一种普遍的一比s规律。这一规律解释了染色质在细胞中的短时Rouse式运动以及更长时间的缠结效应,为结构与动力学间的矛盾提供了答案。

在软物质物理的世界里,聚合物一直像一支缓慢却难以预测的舞队。每一个链段都在复杂环境中互相牵引、松开,再牵引。研究者想弄清楚它们到底是怎么动的。这不是一个新问题,从de Gennes提出“蛇形穿行”模型开始,人们已经研究了几十年。不过,随着越来越清晰的染色质实验数据出现,这个老问题又迎来了新的挑战。

聚合物的动力学通常用Rouse模型或Zimm模型来描述,它们假设链条松散,没有太多约束。然而现实中的聚合物并不这么自由。特别是在像染色质这样的生物系统中,链段会缠绕、折叠,还有记忆效应,事情变得更像一团不断尝试舒展自己的分形云团。

这项新研究指出了一件出人意料的事。只要满足两个简单条件,链段之间的内部力彼此抵消,环境噪声在空间里互不相关,整个系统就会自然出现一个普遍规律。长度为s的链段,它的质心扩散会遵循一比s的比例缓慢下来。也就是说,链段越长,质心越不愿移动。这一规律不依赖具体模型,也不依赖系统细节,更像是集体运动的底层节奏。

研究者使用一种名为A GRLE的框架,把这个规律写成了明确的数学关系。它连接了两个关键现象:链段质心的运动和链上任意两点之间短时间的位移波动。这个联系让人可以通过实验追踪染色质上两个标记点的距离变化,间接看到整个链段如何整体移动。

更有意思的是,这个普遍的一比s规律还能预测一个短暂的效应。当温度骤然下降时,链条上远距离的方向相关性会出现一段一比s三次方的快速衰减。这种相关性不会出现在处于平衡状态的理想链中,因此它成为一种清晰的非平衡特征。

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为了验证这些推论,研究团队重新分析了近年对染色质两个位置的追踪实验。结果显示,质心运动的动态指数大约是零点七七,显著低于Rouse模型的一。这说明染色质的运动受到拓扑约束,链段并不自由,而是处在一种皱褶状态。这与多种理论模型中的“褶皱球状体”描述一致。

这项研究还解决了一个长期困扰的矛盾。Hi C实验显示,染色质的接触概率随基因组距离呈一比s的下降。这意味着染色质的形态近似分形,维度接近三,而不是理想链的二。按理论推算,这样的结构应该使运动变慢,动态指数应更低。然而活细胞成像看到的却是短时间内接近Rouse的快速运动。

研究者认为,这正是因为染色质的运动在短时间内尚未被缠结限制。拓扑约束需要时间显现。估计的缠结长度大约在一百多千碱基,而对应时间尺度约为几十到几百秒。在这之前,染色质的运动看上去像Rouse式的自由伸展。再往后,它会慢下来,进入被缠结统治的阶段。已有数据中已经隐约能看到这种减速,只是实验时间窗口还不足以完全捕捉。

更重要的是,两点之间的运动能反映整个链段的集体质心行为。这使得实验者在现有技术条件下,仍然能捕捉到染色质的拓扑限制特征。重新分析后,得到的质心指数与理论完全吻合,为染色质的分形皱折结构提供了动力学证据。

研究的结论很清晰。他们提出的A GRLE模型把分形结构、黏弹环境和链条中的微弱活性统一到一起,揭示了一个跨模型的普遍特征。只要链段之间的力是互相的,噪声没有空间相关性,那么一比s的质心扩散规律就会出现。它不仅改变两点之间的波动,也影响系统在平衡和非平衡状态下的整体行为。

尽管有研究指出增强子与启动子之间可能存在非互惠作用,但成像数据显示的一比s规律仍与互惠力主导的动力学一致。通过解析模型和尺度关系,他们进一步推导出质心运动对两点位移的校正,并在实验数据中看到了完全对应的指数。染色质似乎确实是一条褶皱的聚合物,它的Rouse式快速运动只是早期瞬间,而更缓慢的被缠结支配的阶段会在更长的时间里显现。

研究还展示了一个优雅的小现象。温度骤降会让链段之间出现短暂的一比s三次方方向相关性,即使链条是理想的。这是质心动力学留下的涟漪,也是一种时间尺度上的记忆。它扩展了破坏Flory理想性的现象,让我们看到聚合物在动态扰动下仍会留下结构性的痕迹。

这些普遍规律像是一种潜伏在分子舞蹈下的节奏。它们让复杂的链条显得不再混乱,让染色质的流动拥有可触摸的逻辑。对于研究者而言,这不仅是一种理论突破,也是一种理解生命物质的新路径。

本文译自 journals,由 BALI 编辑发布。


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